Importante per vastità e unicità delle collezioni e dimensione degli spazi, si trova dal 1998 nel Complesso dell’antico Seminario dei Chierici, al centro della città, dove occupa il Corpo B, il Corpo D e parte del Corpo C. Sezioni della biblioteca Berio sono la Sezione Moderna, la Sezione Periodici e Raccolta Locale e la Sezione di Conservazione, che comprende importanti raccolte antiche e di pregio. Il patrimonio ammonta ad oltre 350.000 titoli. La Berio dispone di diverse sale di lettura, di due sale per eventi e attività, la Sala dei Chierici e la Sala Lignea "G. Franchini" e di due cortili liberamente fruibili. Sono inoltre afferenti alla Berio l'Archivio dei Movimenti (ARCHIMOVI) e l'Archivio Museo della Stampa-Raccolta Gutenberghiana "F. Pirella", con accesso da via del Seminario 12.
Nel Complesso del Seminario hanno sede anche il Laboratorio di Legatoria (Corpo C, 1° piano), alcuni uffici della Direzione Politiche Culturali (Corpo C, 3°piano), e l’Istituto Ligure per la Storia della Resistenza e dell’Età Contemporanea - ILSREC (Corpo C, 4° piano). Al piano terra del Complesso si trova la Caffetteria.
